Pada amnya keadaan negara Borneo Utara adalah aman dan tenang sehingga tahun 1960-an apabila wujudnya kesedaran politik. Keinginan kemerdekaan seperti yang dicapai oleh negara lain telah sampai ke Borneo Utara. Penyebaran semangat ini bermula dengan pengumuman yang dilakukan oleh Perdana Menteri Malaya, Tunku Abdul Rahman pada tahun 1961 berkaitan dengan pembentukan Persekutuan Malaysia yang terdiri daripada Malaya, Borneo Utara, Sarawak, Brunei dan Singapura.[10] Borneo Utara telah memperolehi hak pentadbiran sendiri pada 31 Ogos 1963 di Keningau, ia diikuti dengan transisi penggabungan dengan Persekutuan Malaysia pada 16 September 1963. [11]Malaysia telah wujud dengan rasminya, tanpa Brunei, pada 16 September 1963 dan nama Borneo Utara telah ditukar kepada Sabah. Terlebih dahulu dari itu, Borneo Utara telah membentuk pentadbiran peralihan sementara bagi bergabung dengan Persekutuan Malaysia. Walau bagaimanapun, ini tidak bermaksud bahawa Sabah telah menjadi sebuah negara mahupun merdeka secara hakiki, berikutan ketiadaan pengiktirafan daripada Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu. Pada tahun 1965, Singapura keluar daripada Persekutuan Malaysia.

Penglibatan negara Sabah dalam Persekutuan ini banyak membawa perubahan dari aspek pentadbiran, politik, sosial dan sebagainya. Sabah mengalami pembangunan yang perlahan berbanding tanah Malaya dan seterusnya memasuki era baru yang lagi mencabar sebagai sebuah negara dalam Persekutuan Malaysia.